騰沖市稅務局設8個內設機構，內設機構級別為正股級。
1.辦公室
負責擬訂本單位綜合工作制度、年度工作計劃；組織起草和審核重要文稿；負責公文處理、會務管理、信息調研、檔案管理、機要保密、來信來訪、值班值守、國家安全、扶貧和績效管理、后勤保障及機關行政事務等工作；組織實施政務公開、政府信息公開、稅收宣傳工作；組織實施督查督辦工作；辦理人大代表議案、建議和政協(xié)委員提案的有關事項。貫徹落實本系統(tǒng)預決算管理、基建管理、會計核算管理、財務內控管理和政府采購、資產管理等規(guī)章、制度，擬訂具體實施辦法；審核匯編部門預算、決算,組織實施部門決算執(zhí)行和公開工作；組織實施會計核算、會計基礎規(guī)范工作；組織實施國庫集中收付工作，辦理具體收付事項；擬訂年度采購計劃，辦理具體采購事項;負責資產的購置、處置和使用管理等工作；承擔稅務著裝管理工作；組織實施基建項目管理。
2.法制股
負責組織實施依法行政和普法工作；負責涉及多個稅種、社會保險費和有關非稅收入綜合性政策文件會辦、起草和落實工作；負責規(guī)范性文件合法性審查、合規(guī)性評估、備案審查、清理等工作；負責重大執(zhí)法決定法制審核工作；組織協(xié)調重大稅務案件審理；組織辦理行政許可、行政復議、行政訴訟等事項；組織辦理涉稅反補貼案件應對工作；負責公職律師和法律顧問相關工作。負責本系統(tǒng)內部控制工作的組織、管理和監(jiān)督；組織實施稅收執(zhí)法督察，開展對社會保險費和有關非稅收入法律、法規(guī)、規(guī)章及規(guī)范性文件執(zhí)行情況的監(jiān)督檢查；組織實施預算執(zhí)行、基本建設、政府采購等內部財務審計和領導干部經濟責任審計；組織實施本系統(tǒng)稅收執(zhí)法責任制工作；督促落實督察審計發(fā)現(xiàn)問題的整改工作；協(xié)調配合外部監(jiān)督和上級監(jiān)督，統(tǒng)籌協(xié)調內部監(jiān)督檢查工作；參與實施“一案雙查”工作。
3.稅政一股
負責組織實施增值稅、消費稅、車輛購置稅等和進出口稅收的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；負責相關稅種和進出口稅收具體業(yè)務問題的解釋和處理；組織落實相關稅種的稅收優(yōu)惠政策；負責增值稅發(fā)票管理，組織相關信息系統(tǒng)的推廣應用及管理。參與海關特殊監(jiān)管區(qū)域稅收管理工作；參與擬訂出口退（免）稅年度安排，分配下達并組織實施年度退稅安排；指導相關稅種和進出口稅收的日常管理、日常檢查；參與相關稅種和進出口稅收的風險管理和納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作。
4.稅政二股
負責組織實施房產稅、城鎮(zhèn)土地使用稅、土地增值稅、契稅、城市維護建設稅、印花稅、資源稅、環(huán)境保護稅、車船稅、耕地占用稅和煙葉稅等征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；負責相關稅種具體業(yè)務問題的解釋和處理；組織落實相關稅種的稅收優(yōu)惠政策；指導相關稅種的日常管理、日常檢查；參與相關稅種的風險管理和納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作。
5.社會保險費和非稅收入股
負責組織實施基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和文化事業(yè)建設費、教育費附加、地方教育附加等有關非稅收入的征收管理工作，研究擬訂具體實施辦法；指導社會保險費、有關非稅收入的日常征管、日常檢查工作；參與有關社會保險費和非稅收入征收的政策輔導、咨詢服務、法律救濟等工作。
6.稅政三股
負責企業(yè)所得稅、個人所得稅具體業(yè)務問題的解釋和處理；組織落實企業(yè)所得稅、個人所得稅優(yōu)惠政策；組織實施企業(yè)所得稅的季（月）度預征、匯算清繳等工作，組織實施個人所得稅源泉扣繳、自行申報、匯算清繳、事后抽查等工作；指導企業(yè)所得稅、個人所得稅的日常管理、日常檢查；參與企業(yè)所得稅、個人所得稅風險管理和納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作；組織實施國家（地區(qū)）間稅收條約（安排）；承擔非居民所得、居民境外所得稅收管理等跨境稅收管理工作；組織實施反避稅工作，參與國際稅收有關的風險管理；組織實施稅收服務“一帶一路”建設；組織實施國際稅收征管協(xié)作；參與國際交流合作和對外技術援助；承擔外事管理。
7.征收管理股
負責組織落實綜合性稅收征管法律、法規(guī)、規(guī)章及規(guī)范性文件，擬訂具體操作辦法；組織實施稅務登記、納稅申報、普通發(fā)票管理等日常征管工作；負責征管質量監(jiān)控評價；負責組織落實信息化規(guī)劃、方案和制度，實施本系統(tǒng)信息化建設、考核評價和驗收工作；承擔稅務行業(yè)標準和業(yè)務需求管理；負責信息化立項和預算管理。
8.組織人事股
負責組織落實干部人事制度及稅務人才隊伍建設規(guī)劃，擬訂具體實施方案；承擔人事、機構編制、公務員管理、干部考核等工作；承擔工資、人事檔案、專業(yè)技術職務管理等工作；承擔下一級領導班子及領導干部和后備干部的管理、監(jiān)督等工作；監(jiān)督檢查干部人事規(guī)章制度執(zhí)行情況；辦理出國政審事項。負責擬訂并組織實施干部培訓、學歷教育管理制度、工作規(guī)劃、年度計劃；組織開展培訓質量考核與評估；承辦教育培訓項目的開發(fā)與管理；承擔教育培訓經費管理和培訓機構業(yè)務管理工作；指導、檢查本系統(tǒng)教育培訓工作。組織開展數(shù)字人事推行工作，負責數(shù)字人事日常管理。負責組織落實有關老干部工作的方針政策和工作部署，擬訂具體實施辦法；負責老干部的服務和管理工作。
機關黨委
組織實施本系統(tǒng)黨建和黨風廉政建設工作；統(tǒng)籌負責本系統(tǒng)黨員教育、管理、監(jiān)督和服務工作；組織開展本系統(tǒng)思想政治工作和精神文明建設；承擔本系統(tǒng)統(tǒng)戰(zhàn)工作；協(xié)調機關工會、共青團、婦委會開展機關群團工作。
